Also...
ich hatte vor kurzem ein ähnliches Problem. Hatte auch das auch hier beschrieben und zur Sicherheit auch nochmal bei zwei Ärzten nachgefragt:
Eine geschwächte Darmflora beinflusst NICHT die Pillenwirkung! Das haben mir zwei Ärzte unabhängig voneinander bestätigt! Wichtig ist nur, dass innerhalb der ersten vier Stunden nichts passiert. Das heißt, du solltest weder erbrechen noch wässrigen Stuhlgang haben. Wenn die Pille nicht mehr rauskommt, kann sie auch wirken. Nachdem mir das zwei Ärzte bestätigt haben, habe ich mich auch darauf verlassen. Die haben schließlich lange genug studiert.
Und sollte sich eine geschwächte Darmflora auf die Pillenwirkung bzw. -aufnahme auswirken, müsste das auch in deiner Packungsbeilage stehen. Ich nehm z.B. die Femigo und da steht überhaupt nichts von geschwächter Darmflora etc. Nur die berühmten 4 Stunden + Erbrechen + Durchfall werden erwähnt.
Mach dich nicht verrückt :-)